Tại Cty Cổ phần Khai Sơn, đoàn thanh tra chỉ rõ, trong quá trình hạch toán, Cty đã để xảy ra một số sai phạm phải xử lý như: Kê khai thiếu doanh thu của hợp đồng cho Cty khác thuê lại đất; kê khai thiếu doanh thu thuê đất của 2 Cty khác. Trong năm 2014, Cty phản ánh vào chi phí sản xuất một số khoản chi phí sửa chữa không hợp lý làm cho thu nhập chịu thuế tăng hơn 1,5 tỷ đồng, thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào được khấu trừ giảm hơn 155 triệu đồng. Số tiền này, đoàn thanh tra kiến nghị thu hồi.
Trong quá trình hạch toán Cty TNHH Cơ khí và Xây dựng Nam Sơn cũng đã để xảy ra sai phạm về thuế. Cụ thể, năm 2013, Cty hạch toán thiếu doanh thu số tiền hơn 280 triệu đồng do khách hàng ứng trước, nhưng đã hủy hợp đồng nên đây là khoản thu khác, dẫn đến thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) phải nộp tăng hơn 42 triệu đồng. Năm 2014, Cty hạch toán thiếu doanh thu phế liệu thu hồi từ hoạt động sản xuất gần 27 triệu đồng, dẫn đến thuế TNDN và thuế GTGT tăng. Năm 2015, Cty tiếp tục hạch toán thiếu doanh thu phế liệu thu hồi từ hoạt động sản xuất hơn 193 triệu đồng, dẫn đến thuế TNDN phải nộp tăng gần 30 triệu đồng, thuế GTGT đầu ra tăng hơn 19 triệu đồng. Tổng số tiền phải thu hồi gần 98 triệu đồng.
Cty TNHH Thương mại và Sản xuất Đông Âu cũng để xảy ra những sai phạm về thuế trong quá trình hạch toán. Cty đã thanh toán bằng tiền mặt một số khoản chi phí mua vào có hóa đơn với giá trị trên 20 triệu đồng; một số khoản chi phí hạch toán không hợp lý… dẫn đến phải truy thu hơn 42 triệu đồng tiền thuế TNDN.
Cty TNHH Tiến Quốc, năm 2014, đã sử dụng hóa đơn không đúng quy định; một số khoản chi phí không hợp lý… ; năm 2015, phản ánh nhầm lẫn số học dẫn đến thuế TNDN tăng… Số tiền thuế phải truy thu là hơn 30 triệu đồng.
Tại Cty Cổ phần Đầu tư Thương mại Việt Phát, Đoàn thanh tra xác định, năm 2014, sử dụng hóa đơn không đúng quy định, phản ánh chi phí không hợp lý; năm 2015 hạch toán vào chi phí bán hàng các khoản chi phí không hợp lý, chưa loại trừ các khoản chi phí khác không được trừ khi tính thuế TNDN…
Cty Cổ phần Xe khách Bắc Ninh, chi phí tính thuế TNDN hoạt động kinh doanh giảm do Cty phản ánh vào chi phí quản lý doanh nghiệp một số khoản chi phí không hợp lý, dẫn đến thuế TNDN tăng.
Tại các Cty được tiến hành thanh tra, vẫn còn tình trạng “bỏ quên” quyền lợi người lao động. Cụ thể: Cty TNHH Cơ khí và Xây dựng Nam Sơn thực hiện chưa nghiêm túc việc tham gia đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế cho người lao động (năm 2013 là 23 lao động; 2014 là 19 lao động; 2015 là 22 lao động).
Tương tự, tại Cty TNHH Thương mại và Sản xuất Đông Âu năm 2013 có 1 lao động; 2015 có 25 lao động không tham gia bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế.
