Trong giai đoạn 2011 - 2015, tổng nguồn vốn huy động để thực hiện Chương trình là hơn 850.000 tỷ đồng, trong đó NSNN chỉ chiếm 11,6%, còn 88,4% là từ nhiều nguồn lực khác nhau.
Theo Ban Chỉ đạo trung ương các chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2016 - 2020, giai đoạn tới, Chương trình sẽ tập trung hoàn thiện kết cấu hạ tầng thiết yếu; thực hiện phát triển sản xuất gắn với tái cơ cấu ngành nông nghiệp; bảo vệ và cải thiện môi trường.