Theo đó, mục tiêu đến năm 2020, thực hiện rà soát, sắp xếp, kiện toàn các đơn vị sự nghiệp đảm bảo phù hợp với danh mục dịch vụ sự nghiệp công ngành Giao thông vận tải, đảm bảo tinh gọn, đồng bộ, thống nhất; thực hiện tách bạch chức năng quản lý nhà nước và chức năng cung cấp dịch vụ công; thí điểm chuyển một số đơn vị sang mô hình doanh nghiệp hoặc thực hiện cổ phần hóa những đơn vị đủ điều kiện theo quy định. Phấn đấu đến năm 2020 chuyển 39 đơn vị sự nghiệp sang mô hình doanh nghiệp và thí điểm thực hiện cổ phần hóa 5 đơn vị, sau đó tổ chức đánh giá, nếu có kết quả tốt sẽ đề nghị Thủ tướng Chính phủ cho cổ phần hóa một số đơn vị đủ điều kiện khác.
Các đơn vị sẽ tăng dần mức độ tự chủ hàng năm phù hợp với lộ trình tính giá dịch vụ sự nghiệp công; phấn đấu đến hết năm 2020 có 52% đơn vị có thể tự đảm bảo được chi thường xuyên.
Cụ thể, duy trì 17 ban quản lý dự án như hiện có; chuyển 11 Trung tâm đăng kiểm cho doanh nghiệp quản lý; chuyển 11 Trung tâm đăng kiểm cho doanh nghiệp quản lý; tiếp tục duy trì 04 đơn vị hoạt động theo mô hình đơn vị sự nghiệp nhà nước đảm bảo chi hoạt động thường xuyên: Trung tâm Công nghệ Thông tin trực thuộc Bộ; Trung tâm phối hợp tìm kiếm cứu nạn Hàng hải và Trung tâm Thông tin An ninh hàng hải trực thuộc Cục Hàng hải Việt Nam; Trạm Kiểm tra tải trọng xe Dầu Giây thuộc Tổng cục Đường bộ Việt Nam; thành lập mới 03 Trung tâm quản lý điều hành giao thông đường bộ cao tốc thuộc Tổng cục Đường bộ Việt Nam tại khu vực miền Bắc, miền Trung, miền Nam; hoạt động theo mô hình đơn vị sự nghiệp tự đảm bảo một phần chi hoạt động thường xuyên...
Trong giai đoạn 2021 - 2030, tiếp tục thực hiện rà soát, sắp xếp, kiện toàn các đơn vị sự nghiệp đảm bảo phù hợp tình hình phát triển ngành Giao thông vận tải; tiếp tục mở rộng thực hiện chuyển đổi sang mô hình doanh nghiệp và thực hiện cổ phần hóa đối với những đơn vị đủ điều kiện theo quy định; tiếp tục chuyển đổi cơ chế hoạt động của các đơn vị ở mức độ tự chủ cao hơn, phấn đấu đến năm 2030 tất cả các đơn vị tự đảm bảo chi thường xuyên và chi đầu tư.
Theo quy hoạch, trong giai đoạn này, Cục Đăng kiểm Việt Nam chỉ thực hiện chức năng quản lý nhà nước, các hoạt động dịch vụ đăng kiểm chuyển cho doanh nghiệp đảm nhận sau khi đã thực hiện ở giai đoạn 2016 - 2020; tiếp tục duy trì hoạt động của các đơn vị sự nghiệp như giai đoạn 2016 - 2020.