Một trong những vấn đề nhận được quan tâm lớn tại Dự Luật là vị trí pháp lý của cơ quan quản lý nhà nước về cạnh tranh, làm sao đảm bảo được tính độc lập, hiệu quả nhất.
Báo cáo của Ủy ban Kinh tế của Quốc hội (UBKT) cho thấy, còn 2 luồng ý kiến khác nhau liên quan đến trách nhiệm quản lý nhà nước về cạnh tranh. Luồng ý kiến thứ nhất tán thành quy định cơ quan cạnh tranh quốc gia trực thuộc Bộ Công Thương, nhưng cần quy định rõ chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền của cơ quan này trong Luật vì cơ quan này vừa thực hiện chức năng tham mưu trong quản lý nhà nước về cạnh tranh, vừa thực hiện tố tụng cạnh tranh. Luồng ý kiến thứ hai đề nghị không quy định cơ quan quản lý cạnh tranh trực thuộc Bộ Công Thương, mà thuộc Chính phủ hoặc Quốc hội để bảo đảm tính độc lập, khách quan trong xử lý vụ việc cạnh tranh.
Theo Chủ nhiệm UBKT Vũ Hồng Thanh, Dự thảo Luật Cạnh tranh (sửa đổi) ngoài các quy định về hành vi hạn chế cạnh tranh, tập trung kinh tế và hành vi cạnh tranh không lành mạnh, còn quy định về tố tụng cạnh tranh. Để có đủ cơ sở pháp lý thực hiện tố tụng cạnh tranh, cần được quy định rõ ràng trong Luật chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan cạnh tranh để duy trì một cơ quan cạnh tranh đảm bảo tính độc lập và có đủ thẩm quyền theo luật định, hoạt động tuân theo pháp luật. Nếu quy định cơ quan cạnh tranh chỉ là một đơn vị hành chính trực thuộc Bộ Công Thương trên cơ sở hợp nhất Cơ quan quản lý cạnh tranh (trực thuộc Bộ Công Thương) với Hội đồng cạnh tranh (do Chính phủ thành lập, các thành viên của Hội đồng do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm) và Văn phòng Hội đồng cạnh tranh thì địa vị pháp lý và tính độc lập của cơ quan xử lý vụ việc cạnh tranh còn thấp hơn so với quy định của Luật Cạnh tranh hiện hành, khó bảo đảm thực thi hiệu quả Luật Cạnh tranh.
Thường trực UBKT tán thành loại ý kiến thứ nhất, theo đó, tiếp thu ý kiến của đại biểu Quốc hội, Dự thảo Luật bổ sung một chương (Chương VII) quy định về cơ quan cạnh tranh, trong đó định danh cơ quan cạnh tranh là Ủy ban Cạnh tranh quốc gia, đồng thời, quy định rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Ủy ban Cạnh tranh quốc gia và chức danh pháp lý, thẩm quyền của những người tiến hành tố tụng cạnh tranh. Người có thẩm quyền xử lý vụ việc cạnh tranh là các ủy viên Ủy ban Cạnh tranh quốc gia do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm. Khi xử lý vụ việc hạn chế cạnh tranh, Hội đồng xử lý vụ việc cạnh tranh hoạt động độc lập theo nguyên tắc tập thể, quyết định theo đa số và chỉ tuân theo pháp luật. Những nội dung đó phải được quy định trong luật mới đảm bảo tính độc lập trong thực hiện chức năng tiến hành tố tụng cạnh tranh theo quy định của pháp luật.
Ngoài ra, quy định về thỏa thuận hạn chế cạnh tranh và lạm dụng vị trí thống lĩnh thị trường, lạm dụng vị trí độc quyền; tập trung kinh tế; hành vi cạnh tranh không lành mạnh… được cho ý kiến, thảo luận tại Phiên họp.