Đồng thời, kiểm toán “nghi ngờ đáng kể về khả năng hoạt động liên tục của Tập đoàn”. Năm 2016, HAGL phải đối mặt với 8.298 tỷ đồng nợ đến hạn phải trả trên tổng số gần 27.100 tỷ đồng nợ vay và trái phiếu phải trả. Ngoài ra, HAGL cũng bị cho là vi phạm một số điều khoản của các khoản vay trái phiếu tính đến thời điểm cuối 2015.
HAGL sử dụng cổ phiếu của chính Tập đoàn (HAG) và cổ phiếu công ty con HAGL Agrico (HNG) làm tài sản đảm bảo cho các khoản vay trái phiếu. Thị giá 2 cổ phiếu này lao dốc trong năm vừa qua đặt HAGL trước nguy cơ bán giải chấp hoặc bổ sung tài sản. Giá trị tài sản đảm bảo sụt giảm cũng là 1 trong những lý do HAGL vi phạm điều khoản hợp đồng vay trái phiếu.