Đối tượng thanh tra là các tổ chức hoạt động sản xuất, kinh doanh có xả thải ra môi trường (tập trung chính vào các cơ sở sản xuất công nghiệp có nguồn xả nước thải lớn và có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường biển, lưu vực sông trên địa bàn các tỉnh, thành phố). Trong quá trình thanh tra có thể bổ sung các đối tượng khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm hoặc có ý kiến chỉ đạo của cấp có thẩm quyền.
Để tổ chức thực hiện, Bộ trưởng Bộ TN&MT sẽ ban hành Quyết định thành lập 3 Đoàn thanh tra đối với các tổ chức hoạt động sản xuất, kinh doanh có nguồn xả nước thải từ 500 m3/ngày đêm trở lên tại 23 tỉnh, bao gồm: Bắc Giang, Bắc Ninh, Cao Bằng, Hà Giang, Hà Nam, Lào Cai, Lạng Sơn, Phú Thọ, Sơn La, Tuyên Quang, Đắk Nông, Gia Lai, Hà Tĩnh, Kon Tum, Lâm Đồng, Quảng Bình, Thanh Hóa, An Giang, Bến Tre, Cà Mau, Sóc Trăng, Tây Ninh và Vĩnh Long.
Theo kế hoạch, cuối tháng 10/2016 sẽ hoàn thành tổng hợp báo cáo kết luận thanh tra; tổng kết, đánh giá, rút kinh nghiệm và tổ chức họp báo công bố kết quả thanh tra.
