Đối với các gói thầu không được áp dụng chỉ định thầu, Viện đã áp dụng hình thức đấu thầu rộng rãi. Về phương pháp đánh giá hồ sơ dự thầu thì thực hiện đánh giá qua 3 bước: đánh giá sơ bộ, đánh giá năng lực và kinh nghiệm, đánh giá chi tiết.
Trong năm 2015, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam đã ban hành các văn bản nhắc nhở các đơn vị trực thuộc nghiên cứu, cập nhật các quy định pháp luật hiện hành về đấu thầu để thực hiện; đồng thời yêu cầu các chủ đầu tư cử cán bộ tham gia các lớp tập huấn, đào tạo, cập nhật kiến thức về đấu thầu. Viện đã ban hành Quyết định số 49/QĐ-VHL ngày 16/1/2015 ủy quyền cho các chủ đầu tư phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu các gói thầu có giá trị nhỏ hơn 500 triệu đồng, còn Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam thẩm định phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu các gói thầu có giá trị trên 500 triệu đồng.
Trong năm 2015, Viện cũng đã kiểm tra hồ sơ mời thầu, cử cán bộ tham gia công tác mở thầu, yêu cầu các đơn vị trực thuộc báo cáo tình hình thực hiện đấu thầu giữa kỳ và cuối kỳ, báo cáo kết quả lựa chọn nhà thầu trước khi phê duyệt nên phát hiện và chấn chỉnh kịp thời các sai sót, không để xảy ra các sai phạm lớn.
