Lý giải nguyên nhân lỗ, VIMADECO cho biết, chủ yếu là do Văn phòng Công ty phải trích lập dự phòng giảm giá khoản đầu tư dài hạn vào Công ty TNHH Sửa chữa tàu biển Vinalines với tổng số tiền hơn 19,145 tỷ đồng. Ngoài ra, tình hình kinh doanh của Văn phòng Công ty cũng gặp nhiều khó khăn do mất khách hàng truyền thống.
Theo báo cáo tài chính cho năm 2016 đã được kiểm toán, tính đến ngày 31/12/2016, tổng tài sản của VIMADECO (không bao gồm các đơn vị trực thuộc) là 159,824 tỷ đồng. Năm 2016, Công ty đạt doanh thu 42,259 tỷ đồng, sụt giảm so với năm 2015 (54,338 tỷ đồng).