Theo báo cáo, qua kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước đã chỉ ra một loạt sai sót trong phương án tài chính mà chủ đầu tư xác định chưa chính xác.
Cụ thể, phương án tài chính xác định nợ gốc phải trả cao hơn giá trị thực tế lên đến 4.565 tỉ đồng. Trong khi đó, thực tế nợ gốc tại thời điểm 31-12-2015 là 27.558 tỉ đồng, còn trên phương án tài chính được Tổng công ty Phát triển hạ tầng và Đầu tư tài chính VN xác định 32.123 tỉ đồng.
Ngoài ra, phương án tài chính cũng chưa có ý kiến thẩm định của Bộ GTVT sau khi điều chỉnh chi phí hỗ trợ bồi thường giải phóng mặt bằng tái định cư tăng 370 tỉ đồng, lãi vay VND trong thời gian vận hành giảm từ 11%/năm xuống 10%/năm từ 1-7-2016…
Kiểm toán Nhà nước cũng đã kiến nghị Tổng công ty Phát triển hạ tầng và đầu tư tài chính VN xử lý tài chính chi phí đầu tư 325 tỉ đồng do tính sai khối lượng và đơn giá các gói thầu. Như giảm thanh toán gần 34 tỉ đồng, giảm phí đầu tư công trình tính vào quyết toán hợp đồng BOT, chuyển sang dự án chi phí vay do hạch toán chưa đúng 186 tỉ đồng…
Từ kết quả xác định lại nợ gốc vay và chi phí thanh toán sau khi kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước đã đề nghị giảm thời gian hoàn vốn của dự án 1 năm 3 tháng 3 ngày so với phương án điều chỉnh của dự án đang trình Bộ GTVT.
Do đó, thời gian hoàn vốn của dự án cao tốc Hà Nội - Hải Phòng được kiểm toán kiến nghị là 28 năm 8 tháng 27 ngày.