Công tác kiểm tra sau thông quan (KTSTQ) được quan tâm đặc biệt. Tháng 5/2016, Tổng cục Hải quan đã giao chỉ tiêu KTSTQ đến từng cục hải quan tỉnh, thành phố yêu cầu tập trung kiểm tra các tập đoàn, tổng công ty, các doanh nghiệp lớn, các mặt hàng, nhóm mặt hàng có dấu hiệu vi phạm, có mức độ rủi ro cao.
Tính đến 15/11, toàn ngành đã thực hiện KTSTQ 8.311 cuộc, trong đó, có 1.157 cuộc ra quyết định truy thu 3.090 tỷ đồng, tăng 94% so với cùng kỳ năm 2015, đã thực thu vào ngân sách 2.032 tỷ đồng, tăng 30% so cùng kỳ năm 2015, đạt 73% chỉ tiêu được giao.
