Đại biểu Nguyễn Thị Mai Phương (đoàn Gia Lai) đặt vấn đề, theo Tờ trình của Chính phủ thì một trong những bất cập lớn nhất của Luật Cạnh tranh năm 2004 là quy định về mô hình cơ quan quản lý cạnh tranh. Theo đó, sau hơn 12 năm thi hành cơ quan quản lý cạnh tranh và hội đồng cạnh tranh mới chỉ điều tra, xử lý được 6 vụ việc hạn chế cạnh tranh. Thời gian điều tra, xử lý trung bình mỗi vụ là 3 năm, trong đó có 4/6 vụ việc bị trả hồ sơ để điều tra bổ sung, 4/6 vụ việc bị đình chỉnh giải quyết, 1 trong những lý do mà tờ trình đề cập đến là do địa vị pháp lý của cơ quan quản lý cạnh tranh hiện nay là một cục thuộc bộ nên chưa đảm bảo tính độc lập. Chính vì lý do đó, việc triển khai một số chức năng của cơ quan quản lý cạnh tranh trong thời gian vừa qua gặp nhiều khó khăn, đặc biệt trong việc điều tra, xử lý hành vi cản trở cạnh tranh của các cơ quan quản lý nhà nước.
Do đó, Điều 7 của Dự thảo Luật Cạnh tranh (sửa đổi) quy định, cơ quan cạnh tranh quốc gia chỉ là một cơ quan tham mưu giúp Bộ trưởng Bộ Công thương thực hiện chức năng quản lý nhà nước về cạnh tranh. “Như vậy thì có khắc phục được những bất cập nêu trên hay không, có đáp ứng được yêu cầu quản lý Nhà nước cũng như xử lý các vụ việc cạnh tranh trên thực tế hay không để đảm bảo tính khả thi của luật” – đại biểu này nêu quan điểm.
Đại biểu Phạm Tất Thắng (đoàn Vĩnh Long) cho rằng, từ những bất cập của hệ thống cơ quan cạnh tranh hiện nay, với yêu cầu mới, cần có một cơ quan duy nhất có chức năng, nhiệm vụ, vị trí pháp lý rộng hơn, bao quát hơn, mô hình cấp tổng cục là phù hợp hoặc tương đương. Có thể thành lập chi cục ở một số tỉnh, ở thành phố lớn và có bộ phận chuyên trách ở Sở Công thương địa phương.
Tuy nhiên, đại biểu này còn băn khoăn việc đặt cơ quan này tại Bộ Công thương vì yêu cầu cần độc lập trong hoạt động. Trong khi Bộ Công thương ngoài chức năng quản lý nhà nước cũng trực tiếp quản lý nhiều doanh nghiệp trực thuộc bộ. Do vậy, để xử lý vấn đề này, đề nghị quy định rõ hơn những hành vi bị cấm đối với cơ quan Nhà nước, đặc biệt là những lĩnh vực có các doanh nghiệp thuộc Bộ Công thương tham gia ngay trong dự thảo Luật. Đồng thời, Chính phủ cũng cần lường tính và quy định rõ cụ thể, vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan này để không xảy ra tình trạng thuận lợi cho cạnh tranh bất bình đẳng do cơ cấu tổ chức đặt ra.
Ở góc nhìn khác, đại biểu Vũ Tiến Lộc (đoàn Thái Bình) nhấn mạnh, cơ quan cạnh tranh quốc gia nằm ở đâu không quan trọng nhưng miễn là phải đảm bảo tính độc lập và phải nâng cao trách nhiệm, cũng như năng lực của cơ quan này trong việc xử lý các vụ việc cạnh tranh. “Đảng đã có chủ trương, Chính phủ đang có đề án thành lập cơ quan quản lý vốn và tài sản nhà nước rồi, cho nên nay mai tất cả các doanh nghiệp của Bộ Công thương sẽ được chuyển giao cho cơ quan quản lý đó, như vậy Bộ Công thương không còn là cơ quan chủ quản. Cho nên nếu cơ quan quản lý cạnh tranh này do Bộ trưởng Bộ Công thương trực tiếp quản lý cũng không ảnh hưởng gì đến tính chất độc lập của nó, đảm bảo tính công bằng của nó”.