Theo kế hoạch phê duyệt, Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình nông nghiệp và phát triển nông thôn làm chủ đầu tư và bên mời thầu của Dự án. Nguồn vốn thực hiện Dự án từ nguồn ngân sách nhà nước.
Dự án gồm 8 gói thầu, chủ yếu lựa chọn nhà thầu theo hình thức chỉ định thầu, đấu thầu rộng rãi trong nước. Thời gian lựa chọn nhà thầu sẽ được thực hiện từ quý III/2017 đến hết quý I/2018.
Một số gói thầu điển hình thuộc Dự án như: Gói thầu số 1 “Quản lý dự án”; Gói số 4 “Khảo sát, lập thiết kế bản vẽ thi công và dự toán xây dựng công trình (nâng cấp đê bao dọc sông Hậu; cống hở các loại; kiên cố hóa cống đập; bọng tròn các loại)”; Gói số 7 “Đánh giá tác động môi trường”…