Qua thanh tra, TTCP đã phát hiện vi phạm 42.656 tỷ đồng, 347 ha đất; kiến nghị thu hồi 33.966 tỷ đồng và 43 ha đất; xuất toán, loại khỏi giá trị quyết toán và đề nghị cấp có thẩm quyền xem xét xử lý 8.689 tỷ đồng, 304 ha đất; kiến nghị xử lý hành chính đối với 436 tập thể, cá nhân; ban hành 44.441 quyết định xử phạt vi phạm hành chính với số tiền là 1.146 tỷ đồng; chuyển cơ quan điều tra làm rõ 16 vụ, 30 đối tượng.
Trong quý III/2016, TTCP đã ban hành 3 kết luận thanh tra, bao gồm: Thanh tra việc chấp hành chính sách, pháp luật và thực hiện nhiệm vụ đối với Tổng công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn nhà nước; Thanh tra việc chấp hành chính sách, pháp luật trong hoạt động thanh tra, kiểm tra, chống thất thu ngân sách nhà nước của Cục Thuế TP.HCM; Thanh tra việc chấp hành quy định của pháp luật trong quản lý, sử dụng vốn, tài sản tại Tổng công ty Đường sắt Việt Nam và một số đơn vị thành viên.
Qua 3 cuộc thanh tra đã phát hiện sai phạm về kinh tế số tiền 8.356 tỷ đồng; kiến nghị thu hồi về ngân sách nhà nước 3.265 tỷ đồng; kiến nghị các cơ quan có thẩm quyền xem xét, xử lý số tiền 5.091 tỷ đồng; chuyển cơ quan điều tra làm rõ 1 vụ việc, 18 đối tượng.
Trong quý IV/2016, TTCP tiếp tục triển khai thanh tra theo kế hoạch gắn với thanh tra đột xuất khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm. Công tác thanh tra cũng sẽ tập trung vào các lĩnh vực dễ phát sinh tiêu cực, tham nhũng, dư luận quan tâm, có nhiều đơn thư khiếu nại, tố cáo.