Căn cứ điều khoản tham chiếu, Tổ chức chứng nhận an toàn hệ thống đường sắt đô thị xây dựng đề cương nhiệm vụ chứng nhận an toàn hệ thống. Sau khi kết thúc các hạng mục, giai đoạn chứng nhận, Tổ chức chứng nhận phải có báo cáo đánh giá gửi chủ đầu tư. Còn sau khi hoàn thành tất cả các hạng mục đánh giá theo đề cương nhiệm vụ chứng nhận an toàn hệ thống, Tổ chức chứng nhận lập báo cáo đánh giá cuối cùng, cấp Giấy chứng nhận an toàn hệ thống.
Thông tư số 16/2016/TT-BGTVT cũng nêu rõ, chủ đầu tư các dự án xây dựng đường sắt đô thị có trách nhiệm lựa chọn Tổ chức chứng nhận có đủ điều kiện năng lực thực hiện đánh giá, chứng nhận an toàn hệ thống cho tuyến đường sắt đô thị theo quy định.