Trong 14 cuộc thanh tra, kiểm tra chuyên ngành có 5 cuộc thanh tra chuyên đề về công tác quản lý nhà nước và triển khai thực hiện đối với 7 dự án đầu tư theo hình thức hợp đồng BOT, BT trên tuyến Quốc lộ 1A do Bộ Giao thông vận tải là cơ quan nhà nước có thẩm quyền; 2 cuộc thanh tra công tác quản lý nhà nước về đầu tư phát triển bằng nguồn vốn nhà nước giai đoạn 2009 - 2013 tại tỉnh Tây Ninh và tỉnh Bắc Kạn; 4 cuộc thanh tra công tác quản lý và sử dụng nguồn vốn của Chương trình nâng cấp hệ thống đê sông tại các tỉnh Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Hưng Yên và Hải Dương; 3 cuộc thanh tra công tác quản lý và sử dụng nguồn vốn của Chương trình nâng cấp hệ thống đê biển tại các tỉnh Thừa Thiên Huế, Quảng Trị và Quảng Bình.
Qua thanh tra, Thanh tra Bộ KH&ĐT đã yêu cầu đối tượng thanh tra xuất toán, thu hồi và giảm trừ khi thanh, quyết toán với tổng số tiền là 98,1 tỷ đồng, trong đó, thu về ngân sách trung ương là 13,6 tỷ đồng; thu về ngân sách địa phương là 0,7 tỷ đồng; giảm trừ khi quyết toán là 83,8 tỷ đồng. Đến nay, Thanh tra Bộ KH&ĐT đã tiến hành đôn đốc, thu hồi về ngân sách nhà nước (thông qua tài khoản tạm giữ của Thanh tra Bộ) tổng số tiền là 10,3 tỷ đồng.
