Phương án mà TP.HCM đặt ra để hoàn vốn cho Dự án là trạm thu phí khép kín cho toàn tuyến sẽ được lập với mức thu áp dụng cho thời gian đầu là 35.000 đồng/xe con/chặng. Dự kiến, 3 năm một lần, mức thu sẽ tăng thêm 12%. Thời gian thu phí hoàn vốn của Dự án là 23 năm.