Bên cạnh đó, KBNN quản lý kiểm soát chi ngân sách nhà nước chặt chẽ, trong giai đoạn 2011 - 2016 đã thực hiện kiểm soát chi trên 5.500.000 tỷ đồng, phát hiện trên 280.000 khoản chi của đơn vị sử dụng ngân sách nhà nước chưa chấp hành đúng thủ tục, chế độ quy định, số thực từ chối thanh toán là 926 tỷ đồng.
Trong những năm gần đây, mức độ phát hành trái phiếu chính phủ bình quân gần 190.000 tỷ đồng/năm, đảm bảo bù đắp thâm hụt ngân sách và cho đầu tư phát triển.
