Tuy nhiên, việc đầu tư, khai thác, tổ chức hoạt động của cụm cảng này nhiều điểm còn hạn chế, chưa hoàn thiện. Quy hoạch cụm cảng chưa hoàn thiện, thống nhất. Việc đầu tư chưa tuân thủ quy hoạch, còn phân tán, dàn trải, thiếu trọng tâm trọng điểm, thiếu đồng bộ. Giao thông chưa đồng bộ, thiếu kết nối hạ tầng... Căn nguyên của bất cập này, theo ông Trịnh Đình Dũng, là việc quy hoạch chưa được thực hiện tốt, nhưng quan trọng hơn là chưa có một nhà quản lý chung, một “nhạc trưởng” cho cả cụm cảng.
Cái Mép - Thị Vải hiện là cụm cảng duy nhất ở Việt Nam có các chuyến tàu mẹ chở container đi thẳng châu Âu, châu Mỹ mà không phải trung chuyển qua nước thứ ba. Hàng tuần có 20 chuyến tàu mẹ với kích cỡ trên 80.000 DWT, trong đó có 2 chuyến có kích cỡ trên 160.000 DWT. Đây là một trong những tàu container lớn nhất thế giới và cũng là cỡ tàu lớn nhất từng cập cảng Việt Nam.
