Phó Thủ tướng Phạm Bình Minh giao các cơ quan chủ quản của 5 chương trình, dự án này khẩn trương triển khai các giải pháp tháo gỡ vướng mắc đã được các cơ quan liên quan và WB thống nhất; tiến hành tái cấu trúc dự án và đề xuất hủy một phần hoặc toàn bộ vốn không có khả năng sử dụng; gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư để tổng hợp, trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định trong tháng 10/2016.
5 chương trình, dự án đang có vướng mắc khiến tiến độ giải ngân bị chậm bao gồm: Đổi mới sáng tạo hướng tới người thu nhập thấp; Quản lý tổng hợp tài nguyên nước Mê Công; Trường Đại học Việt - Đức; Đổi mới sáng tạo thông qua nghiên cứu, khoa học và công nghệ; Chương trình phát triển đô thị miền núi phía Bắc.