Trong đó nhiều Cục Hải quan có mức nợ thuế tạm thu quá hạn năm 2014 giảm nhiều so với năm trước. Mặc dù vậy, tổng số nợ thuế do ngành thuế quản lý đến 31/12/2014 vẫn lên tới 76.073 tỷ đồng, tăng 6.731 tỷ đồng so với cùng kỳ năm 2013. Theo nhận định của KTNN, nợ thuế do ngành thuế quản lý có xu hướng tăng qua các năm cả về số tuyệt đối và tỷ trọng so với thu nội địa (trừ dầu thô) và diễn ra phổ biến tại hầu hết các địa phương được kiểm toán.
Kết quả kiểm toán của KTNN cũng cho thấy, còn tình trạng các đơn vị được kiểm toán hạch toán và kê khai thiếu doanh thu, xác định sai chi phí tính thuế, từ đó tính thiếu thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước; không ít đơn vị hạch toán thiếu số thu, hạch toán các khoản chi phí không đúng chế độ, định mức, không kê khai hoặc kê khai không đầy đủ các khoản phải nộp ngân sách nhà nước.
Từ kết quả kiểm toán, KTNN xác định số phải nộp ngân sách nhà nước tăng thêm hơn 8.287 tỷ đồng.
