HEC tiền thân là Phòng Thiết kế đo đạc thuộc Nha Thủy lợi Bộ Giao thông Công chính, được thành lập ngày 6/4/1955. Thực hiện Quyết định số 3075/QĐ-BNN-ĐMDN ngày 15/10/2007 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, HEC đã chuyển sang hoạt động theo mô hình công ty cổ phần. Công ty hoạt động chính trong lĩnh vực tư vấn khảo sát thiết kế hàng đầu trong lĩnh vực phát triển thuỷ lợi ở Việt Nam, nơi quy tụ được một đội ngũ lớn các chuyên gia có kinh nghiệm, trình độ kỹ thuật cao và chuyên sâu trong ngành thủy lợi.
Về hoạt động kinh doanh, trong giai đoạn 2018 - 2020, doanh thu của Công ty liên tục suy giảm. Cụ thể từ mức 231 tỷ đồng năm 2018 giảm xuống còn 184,2 tỷ trong năm 2019 và còn 140,6 tỷ năm 2020. Đi cùng với sự sụt giảm doanh thu, lợi nhuận trước thuế của Công ty cũng liên tục giảm từ mức 18 tỷ năm 2018 xuống còn 11,3 tỷ đồng năm 2019 và gần 6 tỷ đồng năm 2020.
Tính đến cuối năm 2020, tổng tài sản Công ty ở mức 195,8 tỷ đồng, trong đó, nợ phải trả chiếm 60%, tương đương 118 tỷ đồng.
