Theo Thứ trưởng Nguyễn Ngọc Đông, bên cạnh một số mặt tích cực đã đạt được như một số gói thầu xây lắp vốn vay Cơ quan Hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA) được thi công nỗ lực, đảm bảo an toàn lao động…, thì tại Dự án cao tốc Bến Lức - Long Thành còn có nhiều hạn chế như: công tác giải phóng mặt bằng còn vướng ở một số gói thầu; việc di dời đường điện chậm; một số nhà thầu thi công các gói thầu thuộc phần vốn của Ngân hàng Phát triển châu Á (ADB) chậm huy động thiết bị thi công nền đường, xử lý đất yếu, kết cấu…
Để đẩy nhanh tiến độ Dự án, ông Nguyễn Ngọc Đông yêu cầu VEC rà soát, kiện toàn bộ máy điều hành tại Dự án; tổ chức rà soát kế hoạch thực hiện tổng thể và lập lại tiến độ thi công của từng gói thầu, xác định các gói thầu là đường găng và mốc hoàn thành của từng hạng mục để tập trung xử lý, kiểm soát tiến độ thực hiện; chỉ đạo nhà thầu đẩy nhanh tiến độ thi công…