Tổ thư ký gồm 26 thành viên. Ông Nguyễn Đình Cung, Viện trưởng Viện Nghiên cứu quản lý kinh tế Trung ương, Bộ Kế hoạch và Đầu tư làm Tổ trưởng.
Tổ thư ký có chức năng tham mưu, giúp việc cho Ban Chỉ đạo và Bộ Kế hoạch và Đầu tư – cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo trong các hoạt động của Ban Chỉ đạo.
Tổ thư ký có trách nhiệm phối hợp với chuyên gia, nhà khoa học được mời để tham mưu, giúp Bộ Kế hoạch và Đầu tư xây dựng báo cáo đánh giá, giám sát kết quả thực hiện cơ cấu lại nền kinh tế, đổi mới mô hình tăng trưởng.
Bên cạnh đó, tham mưu, giúp Bộ Kế hoạch và Đầu tư dự kiến phương hướng, nhiệm vụ, giải pháp thực hiện cơ cấu lại nền kinh tế, đổi mới mô hình tăng trưởng; tham mưu, giúp Bộ Kế hoạch và Đầu tư trong việc tổ chức thực hiện chương trình, kế hoạch hoạt động và quyết định, kết luận của Ban Chỉ đạo; thực hiện các nhiệm vụ do Trưởng ban, Phó Trưởng ban Thường trực và Phó Trưởng ban giao.
