Việc phân bổ vốn này dựa trên 4 nguyên tắc. Thứ nhất, vốn NSTW và vốn trái phiếu chính phủ kế hoạch năm 2016 để hỗ trợ cho các xã theo đúng mục tiêu của CTMTQG xây dựng nông thôn mới được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Thứ hai là không hỗ trợ vốn NSTW cho các địa phương có điều tiết về NSTW (trừ tỉnh Quảng Ngãi). Các địa phương này phải bố trí vốn ngân sách địa phương ở mức cao hơn so với các địa phương khác và huy động hợp lý theo quy định của pháp luật các nguồn vốn ngoài ngân sách nhà nước để thực hiện mục tiêu của Chương trình.
Thứ ba, ưu tiên nguồn lực cho các xã đặc biệt khó khăn, xã biên giới, xã an toàn khu; các xã đặc biệt khó khăn vùng bãi ngang ven biển và hải đảo; xã nghèo thuộc các huyện nghèo; xã nghèo thuộc huyện có tỷ lệ nghèo cao được áp dụng cơ chế, chính sách đầu tư kết cấu hạ tầng như các huyện nghèo, trong đó ưu tiên hơn cho các xã mới đạt dưới 5 tiêu chí.
Thứ tư, ưu tiên đầu tư phù hợp cho các xã đã đạt trên 15 tiêu chí để phấn đấu hoàn thành mục tiêu xây dựng nông thôn mới, chú trọng đầu tư cho các xã chưa hoàn thành các công trình hạ tầng cơ bản (giao thông, điện, trường học, trạm y tế, nước sạch, thủy lợi); hỗ trợ phát triển sản xuất, bảo vệ môi trường.
