Cơ quan Hải quan đã thực hiện trên 4,6 nghìn cuộc thanh tra, kiểm tra sau thông quan, xử lý tăng thu cho ngân sách 1,1 nghìn tỷ đồng; thực hiện thu hồi và xử lý được 259 tỷ đồng số nợ thuế của các tờ khai phát sinh trước ngày 31/12/2015.
Bên cạnh đó, cơ quan hải quan đã bắt giữ, xử lý trên 11,9 nghìn vụ buôn lậu, gian lận thương mại, xử lý tăng thu cho ngân sách 100 tỷ đồng. Cơ quan hải quan đã khởi tố 31 vụ, chuyển các cơ quan khác điều tra 42 vụ.