Theo thông tư mới được Bộ Tài chính ban hành, từ ngày 16/1/2016, mỗi chuyến bay thương mại thường lệ, (chuyến bay theo lịch đã công bố sẵn) sẽ nộp phí theo quy định mới tùy tải trọng cất cánh và cự ly bay. Các chuyến bay thương mại thông thường lệ sẽ nộp mức phí bằng 120% của chuyến bay thường lệ.
Phí bay qua vùng trời Việt Nam là khoản thu thuộc ngân sách Nhà nước và không chịu thuế giá trị gia tăng. Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam có trách nhiệm thu phí và nộp 100% vào ngân sách Trung ương.
