6 gói thầu còn lại vẫn chưa hoàn thành có nguyên nhân chủ yếu là do công tác giải phóng mặt bằng (GPMB) của Dự án vẫn chưa xong.
Dự án Thoát nước Hà Nội giai đoạn II sử dụng vốn vay ưu đãi của Chính phủ Nhật Bản, được khởi động từ năm 2006 và dự kiến hoàn thành năm 2014, sau đó lùi sang năm 2015 nhưng đến nay vẫn chưa thể hoàn thành. Chính sự ì ạch trong công tác GPMB đã nâng tổng mức đầu tư Dự án tăng thêm tới hàng nghìn tỷ đồng.